台湾“农委会”渔业署副署长蔡日耀9日证实，当天上午10点左右，台湾渔船“广大兴28号”在屏东县鹅銮鼻东南方约180海里处，遭菲律宾军舰射击，事件导致一名船员死亡，船只也丧失动力。综合台湾媒体报道，菲律宾军舰在射杀洪姓船员后，仍继续追赶、扫射台湾渔船。该船逃命一个多小时后才脱险，但船上设备已遭严重损毁。蔡日耀表示，受损渔船通过电台呼救后，已有友船前往协助，预计将于10日返台。
事件发生后，台湾当局“海巡署”派台南舰前往戒护，目前台南舰已与受害渔船会合，船上其他3名船员安全无虞。台湾当局领导人办公室发言人当天晚间表示，马英九对此案高度重视，指示外事部门向菲律宾表达严正关切，要求菲方必须立即查明真相，将凶手绳之于法。外交部发言人华春莹9日晚表示，中方对此事件表示严重关切，中方对开枪射杀台湾渔民的野蛮行径表示强烈谴责。要求菲方立即进行调查，并尽快作出说明。国务院台办发言人杨毅也在当晚表示，强烈谴责枪杀台湾渔民的野蛮行径，要求菲方尽快彻查，给受害渔民一个交代。对遇害台湾渔民同胞表示深切哀悼，对家属表示慰问。
而菲律宾海上执法单位包括海军、海岸防卫队、水上警察和渔业暨水产资源局，事后均表示并未接获相关报告。根据遇袭台湾渔民的说法，菲方船舰为白色船身，船上人员身穿橘色背心。有媒体据此分析称，菲海岸防卫队官员的船舰及人员制服符合台湾渔民描述，但菲方官员调阅卫星定位记录后称，当时没有海巡队船舰在事发地点巡逻。
台湾与菲律宾经济海域重叠，台湾渔船常被菲律宾以违法入侵经济海域为由扣押人船。2006年1月15日，台东籍渔船“满春亿号”在兰屿和吕宋岛北方的交界海域遇袭，67岁船长陈安老遭枪杀身亡。2005年5月11日，台湾屏东东港籍渔船“金利昇壹号”在巴士海峡作业时，也遭到菲律宾军舰的驱逐。2002年3月到5月，菲律宾海防人员在2个月内，扣留“志满群”66号、“满吉财”3号等5艘台湾渔船。
对于此次菲律宾方面的无理举动，有军事专家表示，台湾地区和菲律宾常常发生渔业纠纷，之前菲方也有扣船、罚钱等举动，台湾基本上持着“大事化小、小事化了”的态度。但台湾当局一而再、再而三的隐忍退让，反而助长了对方的气焰。专家称，台湾当局今后应该会补强在相关区域的控制能力和执法作为。
