事业单位的资金来源大致有三种：政府出资;民间集资;民间集资创办，国家予以补贴。中华人民共和国的事业单位大多数是国家出资创办，并受国家行政机关的监督和管理。在中国行政编制中，事业单位的经费与人员工资由国家财政预算的事业费开支。1978年以后，中国部分国家事业单位进行了管理体制改革,重视经济效益,实行经费部分或全部自筹，减少对国家财政拨款的依赖。除国家的事业单位外，在中国还存在一定数量的集体所有制的事业单位。
80年代以来还出现了民办和个人创办的事业单位。20世纪90年代以前，苏联、东欧各国的事业单位也基本上由国家出资创办，并受国家行政机关的监督和管理。在西方国家，大部分事业单位是民间创办或地方自治体设置的。在民办的事业单位中，由教会、各种基金会主办的占相当比重。不少大的企业集团、公司，在其内部也创办有为本集团、公司服务的各种科技开发性的事业单位。
